В марте 1917г. казаки станицы Каменской послали его делегатом на Первый Съезд Донских Казаков в Новочеркасске. Там Богаевский был избран председателем его и поставлен во главе Комитета по выработке Положения о выборах и созыве после 196-летнего перерыва Войскового Круга. На заключительном заседании Круг избрал его на пост Заместителя Войскового атамана, которым стал Алексей Максимович Каледин.
Его политическая деятельность на этом посту протекала в исключительно сложной обстановке. Пришли годы паденья прежних служилых авторитетов и замена их авторитетом казачьей народной воли. Митрофан Петрович выступал за призвание к новой жизни полузабытых форм старинных казачьих политических традиций, за что был прозван Бояном Дона. Он провел «Митрофанов Сполох» в защиту атамана Каледина от нападок Временного правительства и привел в действие старый казачий закон: «С Дона выдачи нет». По его внушению Донской Круг и атаман Каледин провозгласили независимость Дона от новой русской власти. В те времена говорили, что Богаевский есть «красноречивое дополнение к молчаливому Каледину». Практически все идеи Войскового Круга, Донского Атамана Каледина, Войскового правительства, в целом Донского казачества разрабатывал, публиковал и пропагандировал Митрофан Богаевский.
Однако пассивность донцов в деле борьбы с советской властью, их позиция — «стерпится-слюбится», их массовый уход с фронта под Царицыным вызвали глубокий кризис власти. Атаман А.М. Каледин сложил с себя полномочия и в тот же день застрелился. Митрофан Петрович покинул Новочеркасск и удалился в Сальский округ. Однако был захвачен красным партизанским отрядом. Командир его, Голубов отвез пленника в Новочеркасск. Там устроил над Богаевским открытый суд, на котором Митрофан Петрович произнес двухчасовую речь, после которой красные казаки отказались выдать «своего» Богаевского чужой советской власти, занявшей Ростов.
Но вскоре красная гвардия заняла Новочеркасск, разогнала казачий гарнизон и взяла с гауптвахты Митрофана Петровича. С началом восстания низовых станиц Богаевского вывезли в близлежащую рощу и там убили двумя выстрелами в затылок.
