В 1643 году состоялась большая, почти трехлетняя по времени, военная экспедиция атамана Михаила Васильевича Стадухина на Колыму. Отряд казаков прошел по маршруту Якутск — река Оймякон — река Индигирка — река Алазея — река Колыма.
Земли по реке Оймякон (Стадухин писал в своих записках — Емолкон) в тот исторический период являлись подлинной terra incognita. Выйдя на конях из Якутского острога вверх по Лене, казаки прошли горным перевалом через северную часть хребта Сунтар-Хаята и спустились в бассейн Индигирки. В устье реки Оймякон Стадухин собрал большой ясак (подати) с местных якутов.
Сделав казачьи кочи, Стадухин со своими побратимами поплыл на них вниз по Индигирке. Остановившись в устье реки Момы, он обследовал окружающие приречные долины и снова взял с аборигенов ясак. Видимо, где-то недалеко от устья Момы отряд Стадухина зазимовал.
Весной 1643 года военная экспедиция казаков продолжила свой рейд. Спустившись на кочах в устье Индигирки, Стадухин вновь исследовал и описал судоходный фарватер этой реки и вышел в Восточно-Сибирское море. Летом 1643 года, пройдя на восток вдоль побережья Колымского залива свыше 500 километров, кочи Михаила Стадухина вошли в устье реки Колыма. «Колыма река велика, есть с Лену», — писал впоследствии казачий атаман.
Любопытно, что во время плавания вдоль побережья Ледовитого океана, напротив устья реки Алазея Стадухин видел далеко в океане по северному румбу «огромную сушу». Так родилась легенда о существовании в западной акватории Восточно-Сибирского моря какого-то огромного острова, впоследствии получившего наименование «Земля Санникова». Более ста лет после рейда атамана Стадухина русские промышленники, которые вели промысел морского зверя на побережье и островах Северного Ледовитого океана, надеялись, что таинственная Земля Санникова все же отыщется. Они рассчитывали, что найдут там ценную «мягкую рухлядь» (мех песца), «заморскую кость» (бивни мамонтов), «корчи» (косы) с крупными лежбищами морского зверя, особенно моржа, ценного своим «рыбьим зубом» (клыками). Вплоть до периода Первой мировой войны искали Землю Санникова также научные экспедиции — тщетно.
Что же видел Михаил Стадухин и его казацкие побратимы на северном румбе напротив устья Алазеи? В настоящее время мелководное море в этих широтах основательно исследовано гидрологами — никаких признаков большого острова не найдено. Возможно, это был оптический обман — мираж, довольно часто возникающий именно в высоких широтах? Или же Стадухина подвело несовершенство компаса? Этот прибор в арктических широтах, из-за магнитных бурь, часто подвержен сбоям. Тогда, возможно, казачий атаман описал реально существующую землю — архипелаг Медвежьи острова. Эти довольно крупные острова действительно находятся в Восточно-Сибирском море, но только не на север от устья Алазеи, а на восток.
Осмотрев устье реки Колыма, Стадухин поднялся вверх, вплоть до среднего течения и здесь основал своего рода факторию — пункт сбора ясака. После зимовки, когда миновали суровые колымские морозы, атаман спустился снова в низовья реки и заложил в устье Нижне-Колымский острог — первое российское поселение на побережье восточной части Восточно-Сибирского моря.
«Колыма-река идет в море под тот же ветр, под восток и под север, — писал впоследствии Стадухин, — если по Колыме плыть в море, то на левой руке будет остров; лежит он весь на виду, так что пади, горы снежные и ручьи знатны видны все. Остров этот длинен, и зимой чукотский народ переезжает на него оленями в один день».
Весь путь атамана Стадухина на Колыму сопровождался военными столкновениями с северными аборигенами, прежде всего с якутами и тунгусами. В низовьях Оймякона, например, казаки два дня сражались с воинственными «неясачными ламуцкими тунгусами». На небольшой отряд из четырнадцати казаков напало около 500 тунгусов, и хотя в финале боя аборигены вынуждены были отступить, однако победа досталась казакам дорогой ценой — «почти все были перестреляны (ранены) и в лошадях большой убыток был».
Следует отметить, что военная борьба с аборигенами была во многих случаях спровоцирована действиями самого Михаила Стадухина. Будучи по натуре своей очень жестким, предельно властным человеком, казачий атаман подчас бывал неоправданно крут в своих отношениях с «инородцами»: собирание ясака зачастую превращалось в неприкрытый грабеж, в спорных случаях немедленно применялась нагайка. Воинственные туземные охотники, разумеется, в долгу не оставались, и поэтому продвижение военной экспедиции Стадухина по Индигирке и Колымскому побережью напоминало скорее рейд конкистадоров. Не торговый обмен и христианское братолюбие, но острая сабля и меткие выстрелы из пищали прокладывали казакам путь.
