1 января 1918 г. открыт Омский сельскохозяйственный институт - агрономический факультет, а с августа 1918 г. - и ветеринарный факультет.
Постановлениями Сибпрофобра от 14 декабря 1920 г. и Сибревкома от 22 декабря 1920 г. ветеринарный факультет был преобразован в Сибирский ветеринарно-зоотехнический институт, при котором было открыто медицинское отделение, в 1921 г. выделенное в отдельный институт. Ныне это медицинская академия
В 1922 г. зоотехнический факультет был закрыт, институт стал называться Сибирским ветеринарным институтом. В 1930 г. был снова открыт зоотехнический факультет с овцеводческим, свиноводческим и оленеводческим отделениями, а институт стал именоваться зооветеринарным. В 1934 г. зоотехнический факультет был переведен в сельскохозяйственный институт (ныне Омский государственный аграрный университет), и Омский ветеринарный институт стал однофакультетным.
В 1994 году ветинститут вошел в состав Омского государственного аграрного университета как структурное подразделение с правом юридического лица по доверенности.