СамГосМИ основан 7 мая 1930 года и назывался «Узбекский государственный медицинский институт» (УзГосМИ).
На сегодняшний день институт располагает пятью факультетами: лечебный, педиатрический, факультет медицинской педагогики, факультет медицинских сестер с высшим образованием, факультет усовершенствования врачей. В институте функционируют 45 кафедр.