Авиакомпания «Атлант-Союз» сертифицирована на осуществление и обеспечение воздушных перевозок на внутренних и международных авиалиниях пассажиров, багажа и грузов.
В мае 1999 года авиакомпания «Атлант-Союз» стала официальным перевозчиком Правительства г.Москвы, получив право на использование Герба г.Москвы и всех официальных символов столицы России на бортах своих воздушных судов.
Самолетный парк авиакомпании «АТЛАНТ-СОЮЗ» состоит из воздушных судов Ил-86, Ту-154М, Боинг-737-300, Боинг-737-800, Эмбраер-120. Воздушные суда базируются и выполняют полеты из аэропортов «Внуково». География услуг Авиакомпании охватывает практически весь мир.
Среди заказчиков авиакомпании Правительства Москвы «Атлант-Союз» крупнейшие российские и международные корпорации, Организация Объединенных Наций, правительственные агентства многих стран мира.
Планировалось, что на базе «Атлант-Союза» путём объединения с авиакомпаниями ГТК «Россия», «Оренбургские авиалинии», «Кавминводыавиа», «Владивосток Авиа», «Дальавиа», «Сахалинские авиатрассы» и компаниями обанкротившегося авиационного альянса AirUnion («Сибавиатранс», «Красэйр», «Домодедовские авиалинии» и «Самара») будет создана крупная авиакомпания с государственным участием под управлением госкорпорации «Ростехнологии». С сентября 2008 года «Атлант-Союз» приступил к полетам на тех маршрутах, с которых ушли разорившиеся компании AirUnion, однако в начале 2010 года от проекта по созданию объединённой авиакомпании отказались.
Ожидалось, что в июле 2010 года будет проведён ребрендинг компании с новым названием «Авиакомпания Москва», однако в итоге о переименовании было объявлено только в октябре 2010 года. С января 2011 года перешла под управление авиакомпании «ЮТэйр». 18 января 2011 года авиакомпания прекратила выполнение полётов. В апреле 2011 года авиакомпания выполнила свой последний полёт.