Рдейский заповедник создан 25 мая 1994 года Постановлением Правительства РФ № 526.
Заповедник расположен на западе Валдайской возвышенности, на водоразделе рр. Полисть и Ловать, в подзоне южной тайги; в Поддорсом и Холмском районах Новгородской области.
Заповедник создан для охраны одной из крупнейших в Европе Полисто-Ловатской системы верховых болот, совместно с заповедником "Полистовский" в Псковской области. Фактически это единая ООПТ, разделенная только административной границей. Здесь гнездятся скопа, беркут, орлан-белохвост, черный аист, европейская чернозобая гагара. В заповеднике находится одно из крупнейших в Европе мест гнездования большого кроншнепа.
Площадь 36 922 га по Постановлению 1994 года.
Территория заповедника отнесена к болотам международного значения, включена в теневой список Рамсарской конвенции. Полисто-Ловатская система верховых болот - одна из ключевых орнитологических территорий России.
