Большехехцирский государственный природный заповедник учрежден 3 октября 1963 года распоряжением С М РСФСР № 4297-р. Первоначально находился в ведении ДВО АН СССР.
Территория заповедника занимает большую часть хребта Большой Хехцир и заключена между долиной р. Уссури и железной дорогой Хабаровск-Владивосток. Административно заповедник находится в Хабаровском районе Хабаровского края.
Заповедник был создан как звено единой "цепочки" ООПТ, призванных охранять типичные ненарушенные ландшафты Приамурья и свойственной им эндемичной флоры и фауны. (на момент создания это были заповедники "Зейский", "Хинганский", "Большехехцирский" и "Комсомольский"). Заповедник представляет типичные среднегорные ландшафты хр. Большой Хехцир.
Первоначально площадь заповедника составляла 45 297 га. В соответствии с распоряжением Правительства РФ от 3 июня 1992 года № 1003-р была увеличена на 174 га и в настоящее время составляет 45 471 га.
Заповедник находится фактически в пригородногй зоне Хабаровска и ведет интенсивную природоохранную пропаганду. В охранной зоне имеется сеть экологических троп.