Государственный природный заповедник "Юганский" создан 31 мая 1982 года Постановлением Совета Министров РСФСР № 324.
Заповедник расположен в центральной части Западно-Сибирской равнины, в бассейне реки Большой Юган (левый приток Оби), в Сургутском районе Ханты-Мансийского автономного округа.
Юганский заповедник создан для сохранения и изучения практически не нарушенных экосистем Среднего Приобья - задача более чем актуальная в связи с продолжающимся активным освоением нефтегазовых и лесных ресурсов Западной Сибири. Организация заповедника происходила в момент наибольшей интенсификации нефтедобычи, и, по данным предварительной рекогносцировки, Юганский заповедник является единственным относительно нетронутым участком в этом районе Тюменской области.
Площадь 648 636 га.