Первая железная дорога в Эстонии была открыта для движения 24 октября 1870 года на участке Палдиски – Таллинн – Нарва – Гатчина. Это – день рождения Эстонской железной дороги. В том же году этот участок был соединен с железной дорогой Санкт-Петербург – Варшава.
Самостоятельная Эстонская железная дорога (ЭЖД) была создана 15 ноября 1918 года на базе Северо-Западной железной дороги, Первого общества подвозочных линий и участков военно-морской и военно-полевой железной дороги.
В 1940 году, когда ЭЖД была включена в железнодорожную сеть СССР, протяженность публичных железнодорожных путей Эстонии составила 1447 км, из них 772 км - ширококолейных и 675 км - узкоколейных путей.
Государственное предприятие «Эстонская железная дорога» было создано 1 января 1992 года, его задачей стало администрирование железных дорог Эстонии. В этом же году было восстановлено членство Эстонской железной дороги в Международном союзе железных дорог (UIC, со штаб-квартирой в Париже), и Эстонская железная дорога также вступила в члены Организации сотрудничества железных дорог (ОСЖД, со штаб-квартирой в Варшаве).
В августе 1997 года государственное предприятие было преобразовано в акционерное общество «Eesti Raudtee». Дальнейшая реорганизация АО «Eesti Raudtee» происходила уже в соответствии с программой приватизации, утвержденной правительством.
14 января 2009 года в коммерческом регистре зарегистрировано разделение АО «Eesti Raudtee», в ходе которого создано два дочерних предприятия: AS EVR Infra – предприятие по управлению и обслуживанию инфраструктуры и AS EVR Cargo – предприятие в сфере грузоперевозок.