Заповедник занимает южную треть Байкальского хребта на территории Качугского и Ольхонского районов Иркутской области.
Создание заповедника было первоначально связано с попыткой восстановления и расширения площади Баргузинского заповедника после резкого сокращения его площади в 1951 году. Однако из-за новой реорганизации заповедной системы в 1961 году проект заповедника был отклонен. Актуальность создания Байкало-Ленского заповедника возросла в середине 1970-х с началом строительства Байкало-Амурской магистрали, когда резко увеличился антропогенный пресс на прилежащие территории. Из-за протеста областных властей целевое проектирование этого заповедника началось лишь десять лет спустя, когда биоценозы Верхоленья понесли существенный ущерб от пожаров и браконьерства. В процессе проектирования и в первые годы существования заповедника возникало множество конфликтов, связанных с отводом лесных и сельскохозяйственных угодий. До сих пор, несмотря на тщательную подготовку материалов, не удалось создать давно намеченную охранную зону вокруг заповедника.
Площадь 659 919 га. В том числе под заповедник изъяты земли Качугского мехлесхоза площадью 613 555 га, Ольхонского лесхоза площадью 45 915 га, колхоза имени XX партсъезда Ольхонского района площадью 449 га.
В декабре 1996 года Байкало-Ленский заповедник, наряду с Баргузинским и Байкальским заповедниками (а также другими байкальскими ООПТ), был включен в состав участка Всемирного Природного Наследия "Озеро Байкал".
В последние годы большое внимание заповедник уделяет проблемам экологического просвещения: ежегодно организуется "Марш парков", ведется активная работа с местным населением.
